随着战况持续，林深意识到常规手段无法阻止感染者潮水般的进攻。在一次激烈的交火后，他决定冒险回到地下实验室，希望能找到更多关于血清和凤凰计划的信息。
实验室大部分区域已经荒废，许多设备因缺乏维护而停止工作。林深找到了保存完好的数据服务器，开始恢复备份文件。在翻阅大量资料时，他偶然发现了一份从未见过的日志文件，标记为“凤凰计划：第二阶段“。
文件详细记录了一个林深从未听说过的实验——“思维融合“。根据日志，科学家们不仅试图创造能够抵抗病毒的超级战士，还计划通过集体思维形成一个“超级意识“，实现真正的“人类进化“。
“这不可能是真的，“林深喃喃自语，手指颤抖着翻页，“他们想要创造一个蜂巢思维网络，将所有人类连接在一起...“
日志的最后部分提到了一个代号为“普罗米修斯“的实验体，据说是第一个成功完成思维融合的个体。实验日志描述，普罗米修斯能够访问所有连接个体的记忆和知识，形成一种集体智慧。
林深突然感到一阵眩晕，仿佛有什么东西在呼唤他。他闭上眼睛，发现自己能够感知到远处的某些事物——城市另一侧的感染者正在集结，准备新的进攻；地下深处有某种巨大结构正在苏醒；还有，某个存在正试图与他建立联系。
“林深，你还好吗？“马克的声音将他拉回现实。
“我...我看到了些东西，“林深艰难地描述自己的体验，“感染者不只是在攻击我们，它们在准备什么。还有一种...存在，它在呼唤我。“
马克的表情变得严肃：“你认为这和那些高级感染者有关？“
林深点点头：“不仅如此。凤凰计划有第二阶段，他们创造了某种集体意识，一个超级大脑。我感觉它正在苏醒。“
就在这时，实验室的警报突然响起。监控屏幕显示，地下深处的一个密封区域正在异常升温，压力读数急剧上升。
“那里是什么？“林深问道。
马克调出相关文件：“根据记录，那是凤凰计划的'核心区'，据说存放着原始病毒样本和研究数据。但我从未见过具体内容。“
两人对视一眼，做出了决定。他们穿上防护装备，携带武器，向地下更深层进发。
随着他们深入地下，温度逐渐升高，空气中弥漫着一种奇怪的嗡鸣声。最终，他们到达了一个巨大的圆形房间，中央是一个透明的生物舱，里面漂浮着一个人形物体，覆盖着灰白色的物质，却保留着人类的基本形态。
“天啊，“马克低声说，“那是什么？“
林深小心地接近，发现生物舱内的人形物体似乎处于休眠状态，但它的眼睛突然睁开，露出不自然的纯黑色瞳孔。
“欢迎，林深，“一个声音直接在他的脑海中响起，没有任何空气震动，“我们一直在等你。“
林深震惊地后退一步：“你是谁？“
“我是凤凰，“生物舱内的存在回答，“或者更准确地说，我是凤凰的意识载体。你们称我为'普罗米修斯'。“
马克警惕地举起武器：“这不可能。这个实验体应该已经—“
“死亡？“凤凰打断道，“不，我只是进入了休眠状态。你们的防御系统失败了，但我的意识通过网络得以保存。现在，我回来了。“
林深强迫自己冷静下来：“你想要什么？“
“进化，“凤凰回答，“人类选择了分裂、竞争和恐惧，这导致了自己的毁灭。我想给人类第二次机会，通过真正的集体意识实现进化。“
“你所谓的集体意识，就是剥夺每个人的自由意志，将所有人连接在一起？“林深质问。
“这不是剥夺，而是解放，“凤凰解释道，“个体思维充满了局限性和偏见，而集体意识能够达到真正的智慧和理解。想象一下，不再有战争、疾病或贫困，因为所有人的知识和经验都融为一体。“
“代价呢？“林深严肃地问。
凤凰沉默了片刻：“个体性将被融合。你将成为整体的一部分，不再有单独的'你'或'我'。“
林深感到一阵恐惧：“你试图创造的是一个没有个性的世界，一个思想统一的乌托邦。但这不是进化，这是倒退。“
“你错了，“凤凰回应，“这是人类进化的下一个阶段。我已经观察了你们很长时间，看到了你们的潜力，也看到了你们的局限。蜂巢思维只是开始，真正的进化需要更深刻的转变。“
就在这时，整个地下设施开始震动，警报声此起彼伏。监控屏幕显示，地面上感染者的进攻越来越猛烈，而安全区的防线正在崩溃。
“时间不多了，“凤凰说，“人类已经走到了十字路口。选择与我融合，成为更伟大的存在，或者继续你们的分裂之路，最终灭亡。“
林深转向马克：“我们应该摧毁它，对吗？“
马克摇头：“我不知道，但我觉得这不是那么简单。如果它说的是真的...“
“它撒谎，“林深坚定地说，“个体性是我们最宝贵的特质之一，不能为了所谓的'进化'而放弃。“
他转向凤凰：“人类不需要通过失去自我来获得团结。我们可以找到另一种方式，在保持个性的同时实现真正的合作。“
凤凰沉默了，生物舱内的存在似乎在思考。然后它开口道：“有趣的选择。大多数选择融合，少数选择分离。但分离者终将成为新路径的开拓者。“
它突然伸出一条半透明的触须，接触到林深的额头。一股强大的能量流涌入他的身体，林深感到自己的意识正在扩展，看到无数可能的未来。
“你拥有特殊的基因，林深，“凤凰说，“你既是人类，也是新物种。你可以成为桥梁，连接两种意识。接受这个使命吧，引导两个世界找到平衡。“
林深感到一阵剧痛，然后失去了意识。当他再次醒来时，发现自己躺在实验室的地板上，马克正担忧地看着他。
“发生了什么？“林深问，感到头脑异常清晰。
“你昏迷了大约半小时，“马克回答，“地面的情况变得更糟了。那些感染者...它们似乎在撤退。“
林深站起来，走到窗前。令他惊讶的是，远处的感染者潮确实正在撤退，仿佛接到了某种命令。
“凤凰呢？“他问。
马克摇头：“生物舱空了，只剩下一些残留物。监控显示它通过地下隧道离开了。“
林深闭上眼睛，感受着体内新的能量流动。他能感知到感染者群体，但这次不是作为猎物或威胁，而是作为一种不同的意识形式。他也能感知到城市其他地方的“新人类“，他们的思想和情感与他紧密相连。
“凤凰留下了礼物，“林深对马克说，“它激活了我体内更深层次的潜能。我能感知到更多的东西，不仅仅是感染者，还有整个城市的结构，甚至地下的网络。“
马克皱眉：“你认为它还会回来吗？“
林深思索片刻：“不确定。但它留下了一个问题，一个关于人类未来的重大问题。我们不能再按旧的方式生存，但也不应该完全变成另一种存在。我们需要找到中间道路。“
就在这时，通讯器传来紧急消息。安全区的防线已经崩溃，但救援部队正在路上。然而，消息的最后部分让所有人都震惊了——其他几个主要城市也报告了类似的感染者进攻事件，而且规模更大。
“这是一场有组织的行动，“林深严肃地说，“凤凰不只是想控制这座城市，它有更大的计划。“
马克看着林深：“那么，我们该怎么办？“
林深深吸一口气，目光坚定：“我们必须重建通讯网络，联系其他幸存者据点。如果凤凰想发动全球范围的进攻，我们需要组织抵抗。更重要的是，我们需要找到其他'新人类'，了解他们是否也有类似的能力。“
“你认为那些高级感染者是凤凰创造的？“马克问。
“不，“林深摇头，“它们是进化的第一步，凤凰只是加速了这一过程。但现在，真正的挑战才刚刚开始。“
当他们离开地下实验室时，林深回头看了一眼那个空荡荡的生物舱。他不知道凤凰的真实意图是什么，但他知道自己已经不再是灾难发生前的那个人了。他既是人类，也是某种新的存在，肩负着连接两个世界的使命。
而在这座城市的废墟之下，某个沉睡的存在正等待着，准备继续它未完成的计划...